Investigación:
en cada centro se ejecuta todos los trabajos de investigación de manera coordinada con el Departamento de Investigación y quienes participan en su ejecución es cada coordinador de programa como ser: Programa de Suelos, programa de MIP, Programa Mejoramiento Genético, Programa de Agronomía, además estos centros son de interés para las Universidades para que sus estudiantes desarrollen sus Tesis.

Producción:
contamos con área de producción de café comercial y dentro de ellos se encuentran lo diversos lotes de destinados para la investigación. El café que se produce en los centros es para destino como materia prima del café de Honduras que se comercializa en los aeropuertos. Producción semilla: contamos con una colección varietal de café en los cuales se han destinado lotes de fundación de semilla para la distribución a nivel nacional. Las variedades comerciales con se cuenta son: Lempira, Parainema, Ihcafe-90, Catuaí, Pacas, Pacamara, IHCATU.

Capacitación.
En cada centro experimental contamos con una infraestructura que permite brindar condiciones adecuadas a los productores y no productores con interés en la formación formal e informal en el rubro del café y afines. Brindamos servicios de atención de giras educativas, charlas, talleres, días de campo, desarrollo de escuelas que son formaciones sistemáticas a través de módulos, pasantías a estudiantes y productores con temas de interés.

Diversificación:
con un enfoque de brindar alternativas de diversificación de ingresos, en cada uno de los centros contamos con rubros como: Porcinocultura, avicultura, apicultura, cunicultura, además en proceso de desarrollo al agroturismo en el marco de la Ruta del Café.

Identificación de Razas de Roya del Café en Honduras.
En convenio con la Universidad Federal de Vicosa (UFVB) en Brasil y del Centro de Investigación de la Roya del Café (CIFC) en Portugal el IHCAFE inició en agosto de 2016 un estudio científico sobre la identificación de Razas de Roya del Café en Honduras.
Actualmente se conocen más de 50 razas de roya que afectan los países productores de café en el mundo, pero en Honduras solamente se tiene identificadas dos razas (1 y II). La UFVB realizó una importante donación al IHCAFE, de una colección de 25 plantas marcadoras de café que son la base para realizar estos estudios de razas de roya, convirtiendo a Honduras (IHCAFE) en el tercer país a nivel mundial en el desarrollo de esta tecnología, después de Portugal (CIFC) y Brasil (UFV).

Control Etológico, Control Biológico y Control Químico.
Cada año el IHCAFE valida estrategias para el Manejo Integrado de Plagas y Enfermedades del café especialmente en las más importantes para la caficultura de Honduras tales como la broca y la roya del café.
Con la colaboración y coordinación de la empresa privada, diferentes prácticas agronómicas, etológicas y productos son validados en el campo y posteriormente incluidos en los paquetes tecnológicos y recomendaciones técnicas a los productores y productoras de Honduras. Agentes biológicos de control, ingredientes activos, dosis, épocas y métodos de aplicación son incluidos en ensayos a nivel nacional.

SATIHCAFE: Roya, Broca y Clima
El monitoreo permanente de plagas y enfermedades como la broca y la roya del café, constituye una de las actividades más importantes desarrollada por los Departamentos de Investigación y Extensión del IHCAFE a nivel nacional.
Mensualmente se genera un Boletín de Alerta Temprana para la Roya y Broca del Café basado en el monitoreo de unas 1,200 fincas de café durante los meses de mayo a octubre. Pese a las buenas condiciones agroclimáticas que prevalecieron en las zonas cafetaleras a nivel nacional, los muestreos del año cafetalero 2015-16 resultaron en su mayoría en incidencias de roya bajas con niveles de alerta verde o de riego bajo, tanto para variedades susceptibles como resistentes.

Solamente casos específicos de fincas con variedades susceptibles y poco manejo agronómico resultaron en incidencia media/ alta con alerta amarilla/roja.
En el caso de la broca, los niveles de incidencia observados fueron mayores prevaleciendo niveles de alerta amarilla o de riesgo moderado a nivel nacional.
En general la intensidad y frecuencia de las lluvias favorecieron la incidencia del insecto en la nueva cosecha. Los boletines también incluyen información climática precisa generada por el Sistema de Monitoreo Climático del Café del IHCAFE, conformado por estaciones telemétricas actualmente ubicadas en los Centros de Investigación y Capacitación.

Capacidad de Diagnóstico: Laboratorio Químico Agrícola y Laboratorio de Fitoproteccion.
Un buen diagnóstico de los problemas agronómicos en el campo es parte fundamental en el manejo sostenible del cultivo del café. Es así que el Departamento de Investigación y Desarrollo del IHCAFE continua brindado sus servicios de diagnóstico en sus dos laboratorios: Laboratorio Químico Agrícola (análisis químico y físico de suelo, análisis foliar, análisis de aguas, análisis de ocratoxina) y el Laboratorio de Fitoprotección (análisis de plagas y enfermedades).

Ampliación de Base Genética del Café en Honduras
Con la cooperación científica de socios como el World Coffee Reseach (WCR), PROMECAFE y NESTLE, el IHCAFE trabaja ampliando la base genética del café en Honduras. Se han establecido 9 parcelas multivarietales en tres Centros de Investigación y Capacitación del IHCAFE con el objetivo de validar 37 nuevos materiales genéticos de todas partes del mundo a las condiciones agroclimáticas propias de las zonas cafetaleras de Honduras.
Estos materiales cuentan con diferentes características de potencial productivo, calidad, resistencia a plagas, enfermedades y de adaptabilidad a las condiciones adversas que trae el cambio y la variabilidad climática.
Una base genética ampliada será clave para el desarrollo de nuevos cruces, híbridos y variedades para Honduras.

Uso de la Biología Molecular para encontrar Genes de Resistencia a la Roya del Café.
En Mayo de 2016 el IHCAFE une esfuerzos de investigación científica con la Agencia Internacional de Energía Atómica y la Organización para la Alimentación y la Agricultura (IAEA/FAO) para el mejoramiento genético de la planta del café y hacer frente a problemas fitosanitarios como la Roya del café por medio de técnicas innovadoras de biología molecular que estimulen la formación y expresión de genes que le den a la planta de café resistencia a una o más razas de las 50 razas de roya del café identificadas.
También se han desarrollado técnicas novedosas de propagación In Vitro de café para aquellos materiales promisorios que no se puedan propagar actualmente por el método tradicional de semilla.